Есть два способа снять деньги без или с минимальной комиссией:
- Снять через корпоративную карту в банкомате 
- Перевести средства себе как физ. лицу на свою дебетовую карту, а потом снять их в банкомате с уже карты физического лица. 
 А также некоторые ИП открывают несколько счетов сразу в разных банках. Это актуально, если планируете "обналичивать" крупные суммы и у вас достаточные для этого обороты в рамках 115-ФЗ.
 Если у вас ООО и вы часто снимаете деньги, оформите бизнес-карту и получайте деньги через банкомат. Так вы не только снимете деньги с низким процентом, но и сэкономите время на походы в банк. При этом не забывайте учесть все транзакции в бухгалтерском учете.